Su descubrimiento se produjo accidentalmente en la tarde del 24 de diciembre de 1963 cuando cinco chavales que merodeaban por el Cerro de Romperropas o Cerro del Águila, se sorprendieron al observar que salía vapor por un agujero. El vapor de agua se producía por la diferencia de temperatura en el interior, unos 17ºC, y el frío del exterior.
Con la ayuda de cuerdas y linternas los chicos se aventuraron a entrar por lo que parecía una gatera de apenas 60 cm de diámetro. Descendieron durante un rato y recorrieron unos 50 o 60 metros gateando hasta llegar a la gran bóveda principal. Después, estuvieron perdidos en el interior de las cuevas durante casi cinco horas, hasta que lograron encontrar de nuevo el agujero por donde habían entrado.
Luego vino todo lo demás, dar la noticia del gran acontecimiento a las autoridades, dueños de la finca, expertos, etc. Tras duros trabajos de acondicionamiento y desde el 18 de julio de 1964 las Cuevas del Águila están abiertas al público todos los días del año.